Le territoire concerné est composé de 4 cantons répartis dans le Nièvre et dans la Saône et Loire et correspondant aux trajectoires des malades. Il s’agit des cantons de Château Chinon, et Luzy pour la Nièvre et Autun 1 et 2 pour la Saône et Loire.

La CPTS Morvan Santé comprend 123 communes réparties sur 2 intercommunalités : 

Achun, Alligny-en-Morvan, Alluy, Anost, Antully, Arleuf, Aunay-en-Bazois, Autun, Auxy, Avrée, Barnay, Biches, Blismes, Brinay, Brion, Broye, Cercy-la-Tour, Charbonnat, Charrin, Château-Chinon (Campagne), Château-Chinon (Ville), Châtillon-en-Bazois, Châtin, Chaumard, Chiddes, Chissey-en-Morvan, Chougny, Collonge-la-Madeleine, Corancy, Cordesse, Créot, Curgy, Cussy-en-Morvan, Dettey, Dommartin, Dracy-Saint-Loup, Dun-sur-Grandry, Épertully, Épinac, Étang-sur-Arroux, Fâchin, Fléty, Fours, Gien-sur-Cure, Glux-en-Glenne, Gouloux, Igornay, Isenay, La Boulaye, La Celle-en-Morvan, La Chapelle-sous-Uchon, La Comelle, La Grande-Verrière, La Nocle-Maulaix, La Petite-Verrière, La Tagnière, Laizy, Lanty, Larochemillay, Lavault-de-Frétoy, Limanton, Lucenay-l'Évêque, Luzy, Maux, Mesvres, Millay, Montambert, Montapas, Montaron, Mont-et-Marré, Monthelon, Montigny-en-Morvan, Montigny-sur-Canne, Montreuillon, Montsauche-les-Settons, Morlet, Moulins-Engilbert, Moux-en-Morvan, Onlay, Ougny, Ouroux-en-Morvan, Planchez, Poil, Préporché, Reclesne, Rémilly, Roussillon-en-Morvan, Saint-Agnan, Saint-Brisson, Saint-Didier-sur-Arroux, Saint-Émiland, Saint-Eugène, Saint-Forgeot, Saint-Gervais-sur-Couches, Saint-Gratien-Savigny, Saint-Hilaire-en-Morvan, Saint-Hilaire-Fontaine,  Saint-Honoré-les-Bains, Saint-Léger-de-Fougeret, Saint-Léger-du-Bois, Saint-Léger-sous-Beuvray, Saint-Martin-de-Commune, Saint-Nizier-sur-Arroux, Saint-Péreuse, Saint-Prix, Saint-Seine, Saisy, Savigny-Poil-Fol, Sémelay, Sermages, Sommant, Sully, Tamnay-en-Bazois, Tavernay, Tazilly, Ternant, Thaix, Thil-sur-Arroux, Tintry, Tintury, Uchon, Vandenesse, Villapourçon.